(και όχι βέβαια ο ναός των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου!)
Βρίσκεται νότια του θαλάσσιου τείχους, μεταξύ του ενετικού λιμανιού και της πύλης του Δερματά, στην παραλιακή λεωφόρο Σοφοκλή Βενιζέλου.
Τον συναντάμε στους καταλόγους IV 120, V 119, VI (Werdmüller) 37 ως S. Pietro και VII (Coronelli) 107 ως S. Pietro, Chiesa, e Convento de’ Padri Domenicani.
Ο ναός του Αγίου Πέτρου χτίστηκε στις αρχές της ενετικής κυριαρχίας στον Χάνδακα ως καθολικό της μονής του τάγματος των Δομηνικανών (Domenicani Predicatori). Το τάγμα των Δομηνικανών ιδρύθηκε από τον άγιο Δομήνικο και αποτέλεσε, παράλληλα με το τάγμα των Φραγκισκανών, ένα από τα ισχυρότερα καθολικά μοναστικά τάγματα με καθοριστική παρουσία στα θρησκευτικά και πολιτικά πράγματα της Ευρώπης μέχρι και τον 18ο αι. Κύριος σκοπός του τάγματος, που αναγνωρίστηκε επίσημα από τον πάπα Ονώριο Γ΄ το 1217, ήταν η σωτηρία των ψυχών των ανθρώπων, η υπεράσπιση της πίστης και η καταπολέμηση των αιρετικών.
Οι Δομηνικανοί επέλεγαν χώρους μέσα στην αστική περίμετρο, είτε σε ναούς που προϋπήρχαν είτε σε ακραίες περιοχές της πόλης. Η παρουσία τους, λοιπόν, στην Κρήτη αναφέρεται λίγο μετά την ίδρυση του τάγματός τους και λίγο μετά τη βενετική εγκατάσταση στο νησί. Έτσι, στον κατάλογο του 1228 αναφέρεται η ύπαρξη μονής στον Χάνδακα μάλλον ως μοναστική κοινότητα, ενώ η πρώτη συγκεκριμένη μνεία για παραχώρηση στο τάγμα δημόσιας έκτασης γης μέσα στον Χάνδακα ανάγεται στο 1248.
Το μοναστήρι αφιερώθηκε στον άγιο Πέτρο τον μάρτυρα μετά το 1253, έτος της ανακήρυξης του τελευταίου ως αγίου. Ο άγιος Πέτρος καταγόταν από τη Βερόνα, ήταν ο πρώτος άγιος μάρτυρας των Δομηνικανών και κήρυξε με μεγάλη απήχηση σε πολλές πόλεις της Ιταλίας. Το 1251 έγινε παπικός ιεροεξεταστής στο Μιλάνο και στο Κόμο και το 1252 δολοφονήθηκε από αντιπάλους του. Έντεκα μήνες μετά τη δολοφονία του ανακηρύχτηκε άγιος από τον πάπα Ιννοκέντιο τον Δ΄.
Το τεράστιο μοναστηριακό συγκρότημα και το καθολικό του υπέστησαν τουλάχιστον τρεις μεγάλες καταρρεύσεις από σεισμούς, το 1303, το 1306 και το 1508.
Επισκευή σε κτίριο της μονής του Αγίου Πέτρου μαρτυρεί έγγραφο της 22/2/1549: Τη δουλεία, το χτίσιμο δηλαδή ενός τοίχου με παράθυρα στον κοιτώνα του μοναστηριού αναλαμβάνει ο οικοδόμος Στέφανο από το Κόμο της Ιταλίας προσωρινούς κάτοικος του Χάνδακα, ύστερα από ανάθεση των ευγενών Piero Quirin, Alvise Loulin, Domenego Avonal και του δικολάβου Sebastian Rosso με τη σύμφωνη γνώμη του πατρός Bortolamio από την Vicenza, με αμοιβή 100 δουκάτα.
Σε έκθεση του καπετάνιου του Χάνδακα Φιλίππου Πασκουαλίγκο, που γράφτηκε το 1594, την οποία δημοσίευσε, μετέφρασε και υπομνημάτισε ο Στ. Σπανάκης, αναφέρεται το φυλάκιο της πόρτας του μόλου και γενικά το τμήμα του θαλάσσιου τείχους προς το σημερινό λιμενικό περίπτερο, που είχε υποστεί σοβαρότατες βλάβες και υποθαλάσσιες σπηλαιώσεις. Προς τη μεριά του Αγίου Πέτρου, το παράκτιο τείχος, που βρέχεται αιώνες τώρα κυρίως από τους βόρειους και βορειοανατολικούς εξαιρετικά ορμητικούς ανέμους, ρηγματώθηκε σε πολλά σημεία. Όπως αναφέρεται στην έκθεση, είναι πολύ σημαντικό να αποκατασταθεί επειδή επάνω σε αυτό στηρίζεται το μοναστήρι που έχει εξασθενήσει πολύ τόσο από την ίδια την κατασκευή του όσο και από τα πολλά παράθυρα και πόρτες των κελιών που βλέπουν προς την θάλασσα.
Τα κελιά των μοναχών βρίσκονταν μπροστά από τη δυτική κύρια πύλη του ναού, στον χώρο όπου υπήρχε το ξενοδοχείο Ξενία, και αποτελούσαν παραρτήματα του ναού. Όπως γράφει ο Σπανάκης το 1968: τα πολλά παράθυρα στη βόρεια πλευρά φαίνονται και σήμερα σε δυο σειρές. Η κάτω σειρά δεν διακρίνεται και τόσο καλά εξαιτίας μικρής καθίζησης του κυρίως ναού και των μαζεμένων εκεί απορριμμάτων και άχρηστων υλικών από τις κατά καιρούς κατεδαφίσεις οικοδομών γύρω από αυτόν.
Κατά την πολιορκία του Χάνδακα από τους Οθωμανούς η Μονή του Αγίου Πέτρου δοκιμάστηκε σκληρά. Κοντά στον ναό υπήρχε ενετικό εργαστήρι, όπου κατασκεύαζαν διάφορα πολεμικά υλικά, χειροβομβίδες και οβίδες. Όπως αναφέρουν οι ιστορικές πηγές, στις 14/7/1668 μια τουρκική οβίδα έπεσε πάνω στο εργαστήρι το οποίο ανατινάχθηκε, σκοτώνοντας όλους τους εκεί εργαζόμενους τεχνίτες και δημιουργώντας μεγάλες βλάβες στον Άγιο Πέτρο. Στην τελική επίθεση έγινε στόχος, αχρηστεύτηκε και εγκαταστάθηκαν στρατιώτες στα κελιά των μοναχών.
Λίγους μήνες πριν την παράδοση του Χάνδακα στους Οθωμανούς, όλα τα ιερά σκεύη και τα κειμήλια του μοναστηριού, μεταφερθήκαν στη Βενετία.
Μέσα στο μοναστηριακό συγκρότημα του Αγίου Πέτρου ιδρύθηκαν παρεκκλήσια που αποτέλεσαν έδρες τριών καθολικών θρησκευτικών αδελφοτήτων, του Αγίου Βιτσέντζου, του Ονόματος του Θεού και της Παναγία του Ροζαρίου.
Η αδελφότητα του Αγίου Βιτσέντζου ιδρύθηκε στις 16 Μαΐου 1474, όταν οι μοναχοί της μονής παραχώρησαν κοιμητήριο, στη θέση του οποίου θα οικοδομούσαν αδελφότητα προς τιμή και μνήμη του Δομηνικανού ιερομόναχου Αγίου Βικέντιου Ferreri από τη Βαλένσια της Ισπανίας, που θεωρείται ένας από τους σημαντικότερους ιεραπόστολους της Ευρώπης του 15ου αι. Κατά το β΄ μισό του 16ου αι., στο όνομα της αδελφότητας προστέθηκε η επωνυμία της Θείας Ευχαριστίας και αποτέλεσε μία από τις σπουδαιότερες καθολικές αδελφότητες του Χάνδακα. Η έδρα, λοιπόν, της αδελφότητας ήταν η Μονή του Αγίου Πέτρου, η οποία το 1589, με συμβολαιογραφική πράξη, της παραχώρησε ένα παρεκκλήσι που βρισκόταν στην αυλή του μοναστηριού για να χρησιμοποιείται ως σκευοφυλάκιο. Σύμφωνα με τη συμβολαιογραφική αυτή πράξη, η αδελφότητα του Αγίου Βικέντιου θα είχε τη δυνατότητα να επισκευάζει και να επεκτείνει το παρεκκλήσι με δικά της έξοδα, χωρίς όμως να εμποδίζονται οι μοναχοί να λειτουργούν και να μνημονεύουν τους νεκρούς που βρίσκονταν εκεί ενταφιασμένοι. Περισσότερες ειδήσεις για το νέο παρεκκλήσι και αλτάριο της αδελφότητας παρέχονται από τον Αρχιεπίσκοπο Luca Stella το 1625, ο οποίος έγραφε ότι στο προαύλιο της μονής υπήρχε ένα παρεκκλήσι και ένα αλτάριο αφιερωμένα στον Άγιο Βικέντιο. Στο παρεκκλήσι αποθήκευαν τα κεριά και συγκεντρώνονταν τα μέλη για να συζητούν τα προβλήματα για τις ανάγκες της αδελφότητας. Κάθε μήνα διεξαγόταν μία λειτουργία και η αδελφότητα παραχωρούσε τάφους στα μέλη της. Η πιο σημαντική δραστηριότητα της αδελφότητας ήταν η συμμετοχή των μελών της στη λιτανεία της Αγίας Δωρεάς, ενώ με μεγαλοπρέπεια γινόταν και η γιορτή του Αγίου Βιτσέντζου καθώς την ημέρα εκείνη συνηθιζόταν να προσφέρονται δύο φορτώματα μυρτιές για τον στολισμό του παρεκκλησιού.
Άλλη αδελφότητα που έδρευε σε παρεκκλήσι της Μονής του αγίου Πέτρου ήταν η αδελφότητα του Ονόματος του Θεού και του Αγίου Ρόκκου. Το όνομα του αγίου Ρόκκου προστέθηκε στην επωνυμία της αδελφότητας σε ανάμνηση του μεγάλου λοιμού της πανώλης του 1592-95. Τα μέλη της αδελφότητας, σύμφωνα με έγγραφο του 1643, ανέρχονταν σε 36 και ήταν κυρίως ιταλικής καταγωγής και διαφόρων επαγγελμάτων που διέμεναν στον Χάνδακα. Στις αρχές του 16ου αι. η αδελφότητα δεν διέθετε αρκετούς χώρους ταφής, οπότε οι αδελφοί του Αγίου Πέτρου αποφάσισαν να της παραχωρήσουν τον ακάλυπτο χώρο που βρισκόταν στο περιστύλιο του μοναστηριού, βγαίνοντας από την πόρτα της εκκλησίας προς το βορρά, για την κατασκευή δύο τάφων. Αργότερα, η αδελφότητα απαίτησε κι άλλο χώρο από το μοναστήρι. Συγκεκριμένα, ζήτησε το παρεκκλήσι της Αγίας Μαρίας της Μαγδαληνής που επονομαζόταν Άγιος Δομήνικος και βρισκόταν στη θέση του σκευοφυλακίου, τον ακάλυπτο χώρο που βρισκόταν πίσω και ανατολικά από το παραπάνω παρεκκλήσι, τον αέρα του παρεκκλησίου του Αγίου Ιωάννη που συνόρευε δυτικά με εκείνο της Μαρίας της Μαγδαληνής, για να κατασκευάσουν ένα ισόγειο δωμάτιο, να στερεώσουν τα δοκάρια στο καθολικό τη μονής και να ανοίξουν πόρτα στο παρεκκλήσι της Μαρίας της Μαγδαληνής που θα οδηγούσε στο προς τον νότο ακάλυπτο χώρο και, τέλος, να κατασκευάσουν στο παραπάνω παρεκκλήσι και στον κενό χώρο, τάφους για τα μέλη της αδελφότητας. Το μοναστήρι αποφάσισε να ικανοποιήσει τα αιτήματα της αδελφότητας, με αποτέλεσμα να προκύψουν επεμβάσεις και διαφοροποιήσεις στη διαμόρφωση των παρεκκλησίων. Μια τρίτη αδελφότητα που έδρευε στο μοναστήρι του Αγίου Πέτρου ήταν η αδελφότητα της Παναγίας του Ροζαρίου που αναφέρεται το 1621.
Αρχιτεκτονικά, η διάταξη της μονής ακολουθεί το τυπικό σχήμα των εγκαταστάσεων των ταγμάτων, με τα μοναστηριακά κτίσματα κατά μήκος της βόρειας πλευράς του ναού και με δύο περιβόλους, όπως απεικονίζεται στους χάρτες των Domenico Rossi d’ Este του 1567, του Μανέα Κλόντζα του 1628-1645 και του Vincenzo Coronelli του 1689.
Το καθολικό ανήκει στον τύπο που χρησιμοποιούσαν οι Δομηνικανοί κατά τον 13ο αι., με στοιχεία της αρχιτεκτονικής των Κιστερκιανών μοναχών του 12ου αι.
Κατά τις εργασίες αποκατάστασης του Αγίου Πέτρου, εντοπίστηκαν οι ιστορικές του φάσεις. Προέκυψε, επίσης, ότι οι επιμέρους πολλαπλές ιδιομορφίες του φανερώνουν συγγένειες με σύγχρονά του κτίσματα, της ίδιας αρχιτεκτονικής μορφής, στη Γαλλία και στην Ιταλία του 13ου αι. στο Silvanes, το Venzone και το Rieti. Το γεγονός αυτό οδηγεί στο συμπέρασμα ότι ο ναός του Αγίου Πέτρου είναι ένα από τα παλαιότερα εν γένει μνημεία της κατηγορίας του και σημαντικό παράδειγμα με ευρύτερο ευρωπαϊκό ενδιαφέρον για την πορεία της αρχιτεκτονικής του 13ου αι. και την παρουσία της τόσο στην Ευρώπη όσο και στην Ελλάδα.
Στην αρχική του μορφή ήταν ναός μονόκλιτος, ξυλόστεγος με ελαφρά προεξέχον εγκάρσιο κλίτος μπροστά από το πρεσβυτέριο. Το τελευταίο ήταν ορθογώνιο, καλυπτόταν από δύο χαμηλά σταυροθόλια και ήταν πλαισιωμένο από δύο τετράγωνα παρεκκλήσια (παστοφόρια). Στην ανατολική πλευρά, το ιερό, αντί της γνωστής μορφής με ημικυκλική κόγχη, διαμορφώθηκε τετράγωνο με ένα μεγάλο τρίλοβο άνοιγμα σε όλο του το πλάτος. Η διώροφη διάταξη των αρχικών παρεκκλησίων του ιερού δεν έχει εντοπιστεί σε κανένα άλλο παρόμοιο μνημείο. Στην Κρήτη, ο ναός του Αγίου Πέτρου αποτέλεσε πρότυπο για τον ναό του Αγίου Νικολάου στα Χανιά κατά το γύρισμα του 13ου προς τον 14ο αι.
Η τολμηρή αρχιτεκτονική του μνημείου, το κεντρικό κλίτος του οποίου έχει μήκος 54μ., πλάτος 15μ. και ύψος 12μ., σε συνδυασμό με την απουσία αντηρίδων κατά μήκος του βόρειου και του νότιου τοίχου του, φαίνεται ότι συντέλεσαν στην εν μέρει κατάρρευσή του τρεις φορές από σεισμούς, κατά τις αρχές του 14ου αι., στις αρχές του 16ου και μάλλον κατά τον 18o αι.
Πιθανόν, μετά τον σεισμό του 1303 και τις επισκευές που ακολούθησαν, προστέθηκε ένα παρεκκλήσι στη νοτιοδυτική πλευρά, που φέρει τις μοναδικές τοιχογραφίες του 14ου αι. που σώζονται στην πόλη του Ηρακλείου.
Ο άλλος μεγάλος σεισμός του 1508 προξένησε, επίσης, μεγάλες καταστροφές στην εκκλησία.
Πολύ αργότερα, κατά τον σεισμό του 18ου αι., καταστράφηκαν η στέγη, το μεγαλύτερο μέρος του βόρειου τοίχου, το βορειοανατολικό παρεκκλήσι του 14ου αι., το νοτιοδυτικό παρεκκλήσι του 15ου αι., το ανατολικό σταυροθόλιο με τμήμα του μεγάλου τρίλοβου παραθύρου του ιερού, η βορειοδυτική εξωτερική παραστάδα και το άνω μέρος του δυτικού τοίχου.
Παρά τις μετατροπές που υπέστη στο βάθος των αιώνων, το καθολικό της μονής διατήρησε τα βασικά χαρακτηριστικά της ξυλόστεγης βασιλικής με ορθογώνιο πρεσβυτέριο και τετράγωνα παρεκκλήσια στεγασμένα με σταυροθόλια, που ήταν τύπος διαδεδομένος στους πρώιμους ναούς των καθολικών ταγμάτων.
Κατά τις εργασίες που πραγματοποιήθηκαν από την Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων μεταξύ των ετών 1991-1995, εντοπίστηκαν οι ιστορικές και κατασκευαστικές φάσεις του ναού, με βάση τα οικοδομικά στοιχεία που διατηρήθηκαν από την καθεμία και από τα αρχικά επίπεδα που αποκαλύφθηκαν εσωτερικά και εξωτερικά του ναού. Έτσι, στην αρχική κατασκευή ανήκουν οι τοιχοποιίες, το ένα σταυροθόλιο του πρεσβυτερίου, τα τετράγωνα διώροφα παρεκκλήσια, τα πλαίσια και οι πεσσοί των παραθύρων της ανατολικής και δυτικής όψης και το βόρειο και νότιο παράθυρο του πρεσβυτερίου. Σύμφωνα και με άλλα μορφολογικά στοιχεία, όπως η ένδειξη για την αρχική ύπαρξη εγκάρσιου κλίτους στην κατασκευή, συμπεραίνουμε ότι η αρχική κατασκευή ήταν μονόκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με εγκάρσιο κλίτος, με επίμηκες πρεσβυτέριο στεγασμένο με σταυροθόλια, με δύο μικρά τετράγωνα διώροφα παρεκκλήσια και με τρίλοβα ανοίγματα στην ανατολική και δυτική όψη.
Από αρχειακές πηγές πληροφορούμαστε για την εικονογράφηση του σκευοφυλακίου με παράσταση του αγίου Φραγκίσκου να αγκαλιάζει τον άγιο Δομήνικο. Σήμερα, στο τέταρτο νότιο παρεκκλήσι σώζεται μέρος της εικονογράφησης με τοιχογραφίες που πιθανόν ανάγονται στον 15ο αι. Οι τοιχογραφίες απεικονίζουν παράσταση της Γέννησης του Χριστού και στην κάτω πλευρά μορφές αγίων, όπως της αγίας Αικατερίνης, Κων/νου και Ελένης κ.ά. Ίχνη τοιχογραφιών σώζονται ακόμα σε άλλα σημεία του νότιου τοίχου αλλά και στο τεταρτοσφαίριο της κόγχης του νοτιοανατολικού παρεκκλησίου, όπου διακρίνεται τμήμα από την παράσταση της Σταύρωσης.
Σε όλη τη διάρκεια της ενετικής κυριαρχίας, τόσο στο εσωτερικό δάπεδο του ναού όσο και εξωτερικά, περιμετρικά των τοίχων του καθολικού, γίνονταν ταφές επιφανών πολιτικών και πνευματικών ηγετών του Χάνδακα.
Κατά τον 14ο αι., μέσα στον ναό τάφηκαν τέσσερις δούκες και αρκετοί ευγενείς, ενώ οι λιγότερο πλούσιοι είχαν τάφους στο μεγάλο κοιμητήριο της μονής που βρισκόταν στην αυλή, βόρεια και δυτικά του καθολικού. Τα παρεκκλήσια και οι βωμοί (αλτάρια) ήταν παραγγελίες ευγενών. Το παρεκκλήσι του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή ανήκε στην οικογένεια Grimaldo το 1375. Άλλο παρεκκλήσι ανήκε στην οικογένεια Pasqualigo το1420 και ένα παρεκκλήσι περιέχει τον τάφο της οικογένειας Bono.
Κατά τις εργασίες του 1992, αποκαλύφθηκαν στο εσωτερικό του καθολικού πάρα πολλοί τάφοι ευγενών καθώς και οι πολυτελείς τάφοι των παρεκκλησίων. Στον ναό ετάφησαν κατά καιρούς πολλά επίσημα πρόσωπα, μεταξύ των οποίων οι δούκες της Κρήτης Μάρκος Γραδενίγος, Τζοβάνι Μοροζίνι, Φίλιππος Ντόριος και Μαρίνος Γριμάνης. Στο Ιστορικό Μουσείο Κρήτης εκτίθεται τμήμα επιτύμβιας πλάκας στο όνομα του Γραδενίγου, που προέρχεται ασφαλώς από την εκκλησία του Αγίου Πέτρου. Σήμερα, όλοι αυτοί οι τάφοι έχουν καταχωθεί και έχει διαμορφωθεί δάπεδο με πλακόστρωση, εκτός των δύο τάφων του νότιου παρεκκλησίου.
Αμέσως μετά την παράδοση του Χάνδακα στους Οθωμανούς, ο Άγιος Πέτρος μετατράπηκε σε μουσουλμανικό τέμενος στη μνήμη του σουλτάνου Ιμπραήμ (Sultan Ibrahim).
Το 1671, για τη διαμόρφωση του ναού του Αγίου Πέτρου σε τέμενος, πραγματοποιήθηκαν πολλές μετατροπές. Επιδιορθώθηκαν ο αυλότοιχος, η στέγη, το ηλιακό ρολόι που βρισκόταν στην πύλη του τεμένους, κατασκευάστηκε κρήνη μπροστά από το τέμενος, διανοίχτηκαν πέντε νέες θύρες, επιδιορθώθηκαν δύο μαρμάρινοι κίονες, προστέθηκε μιναρές στη νοτιοδυτική γωνία και κατεδαφίστηκε το κωδωνοστάσιο. Επίσης, τοποθετήθηκε το σήμα (μισοφέγγαρο) στον άμβωνα, έγινε επιχρύσωση διαφόρων τμημάτων του τεμένους, τοποθετήθηκαν 130 υαλοπίνακες, αφού επιδιορθώθηκαν τα παράθυρα. Όλες αυτές οι εργασίες διήρκησαν έξι μήνες μαζί με την ανέγερση του μιναρέ. Να σημειώσουμε εδώ ότι οι τεχνίτες που εργάστηκαν στην ανέγερση των μιναρέδων της πόλης, εργασία που απαιτούσε εμπειρία και τέχνη, ήταν Αρμένιοι που τους είχε φέρει ο Κιοπρουλής κατά το 1667 ως κατασκευαστές υπονόμων κατά την τελευταία περίοδο της πολιορκίας του Χάνδακα, όταν ανέλαβε την αρχιστρατηγία των οθωμανικών στρατευμάτων.
Το μιχράμπ του τεμένους, τα βοτσαλωτά δάπεδα του περιβάλλοντα χώρου καθώς και ένας κεραμικός κλίβανος των ύστερων οθωμανικών χρόνων εντοπίστηκαν κατά τις εργασίες αποκατάστασης του μνημείου. Στο δάπεδο του ιερού εντοπίστηκαν τα ίχνη τριών ακόμα μιχράμπ που αντιστοιχούν στις φάσεις των οθωμανικών δαπέδων. Στην ίδια περίοδο ανάγεται και η κατασκευή του μιμπάρ και μιας εξέδρας.
Οι φθορές και οι βλάβες από την ορμή της θάλασσας δεν σταμάτησαν ποτέ. Σε έγγραφο του 1714 περιγράφεται η κατάσταση του τεμένους: οι λίθοι στο τμήμα του τείχους μπροστά από το ιερό τέμενος του σουλτάνου Ιμπραήμ καταφαγώθηκαν από την ορμητικότητα των κυμάτων με κίνδυνο να υποστούν βλάβες και καταρρεύσεις οι τοίχοι του τεμένους.
Από τα παραπάνω γίνεται φανερό ότι η στερεότητα και η ύπαρξη του μνημείου ήταν απόλυτα συνδεδεμένη με την κατάσταση στην οποία βρισκόταν το παραθαλάσσιο τείχος. Το 1752, η κατάσταση του παράκτιου τείχους ήταν εντελώς απελπιστική, όπως πληροφορούμαστε από σχετική έκθεση του Πασά της Κρήτης.
Δέκα χρόνια αργότερα, το 1762, το τέμενος είχε καταστεί ετοιμόρροπο και ο μιναρές είχε παρουσιάσει μεγάλη και επικίνδυνη κλίση προς την πλευρά του κτιρίου, με άμεσο κίνδυνο να πέσει πάνω στο τέμενος προκαλώντας την πλήρη κατάρρευσή του. Και πάλι πραγματοποιήθηκαν επιδιορθώσεις και επισκευές. Τον 19ο αι. πια, πιθανόν μετά τον σεισμό του 1809, είχε καταστεί εντελώς ερείπιο. Τα μοναστηριακά κτίσματα ερειπώθηκαν πλήρως και δεν κατοικήθηκαν ξανά.
Το 1819 φαίνεται ότι έγινε η τελευταία επιδιόρθωση του ναού. Από τότε και μετά δεν γίνεται πια καμιά αναφορά στο θέμα.
Την περιγραφή του Αγίου Πέτρου μας δίνει ο Gerola στις αρχές του 20ού αι.: Ο ναός σήμερα είναι εν μέρει κατεστραμμένος και καταχωμένος, ενώ τμήμα του μετατράπηκε σε τζαμί. Ο μικρός μιναρές βρίσκεται στη νοτιοδυτική γωνία αλλά το αρχικό καμπαναριό, όπως και στις άλλες λατινικές εκκλησίες, θα ήταν στην ανατολική μεριά. Στο δυτικό τοίχο ανοίγεται μεγάλο στρογγυλό παράθυρο πιθανόν στη θέση μεγάλου ενετικού δίλοβου παραθύρου. Στον ανατολικό τοίχο ψηλά βρίσκεται ένα άλλο ορθογώνιο καινούριο παράθυρο. Στο βόρειο τοίχο έχουν ανοιχτεί πάλι από του Τούρκους δέκα παράθυρα σε δύο σειρές και ένα στρογγυλό. Τέλος στη βόρεια πλευρά βρίσκονται έξι παλιά παράθυρα με ημικυκλικά τόξα.
Το 1915 το τέμενος του Σουλτάν Ιμπραήμ δεν απέφυγε τις βάνδαλες πράξεις κατά των μουσουλμανικών τεμενών. Ένας κλίβανος μεταλλευμάτων που είχε κατασκευαστεί επί οθωμανικής κυριαρχίας κατεδαφίστηκε, ενώ τμήμα του αρχικού βορειοανατολικού παρεκκλησίου έγινε δεξαμενή. Από τότε και μετά εγκαταλείφθηκε και κατά την ανταλλαγή των πληθυσμών μισθώθηκε από την Εθνική Τράπεζα στον εκ Χανίων Γεώργιο Αναγνωστάκη, ο οποίος μετέτρεψε το μνημείο σε ξυλουργείο και σχιστήριο.
Την ίδια περίοδο, όλος ο χώρος βορειοανατολικά του ναού καλύφθηκε από εγκαταστάσεις της ποτοποιίας Κονιόρδου και αμέσως μετά κατασκευάστηκε και λειτούργησε για χρόνια το κτίριο του κέντρου διασκέδασης Καστέλα.
Στον σεισμό του 1926 κατέρρευσε το ανατολικό μέρος της στέγης του ναού. Την περίοδο του Μεσοπολέμου, το δυτικό μέρος του κτιρίου λειτούργησε ως ξυλουργείο. Για ένα διάστημα, μετά τη χρήση του ως ξυλουργείου, μετατράπηκε σε κινηματογράφο.
Το 1943 αγοράστηκε από την ενορία του Αγίου Δημητρίου αντί δυο εκατομμυρίων κατοχικών δραχμών. Ακολούθησαν για χρόνια δικαστικοί αγώνες για την έξωση του μισθωτή ο οποίος τελικά, εγκαταλείποντάς το, επέφερε και επιπλέον βλάβες στο κτίριο. Το χειρότερο είναι ότι η ενορία, οι επιτροπές και οι εκκλησιαστικές αρχές της πόλης το εγκατέλειψαν για πολλά χρόνια στην τύχη του.
Τελικά, αποφασίστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού να επιτραπεί μόνο επετειακή λειτουργία και ο Άγιος Πέτρος να παραμείνει επισκέψιμο μνημείο. Από τις αρχές της δεκαετίας του 1970 και συγκεκριμένα μεταξύ των ετών 1972 και 1974 άρχισαν εργασίες αποκατάστασης του κτιρίου με στερεωτικές εργασίες.
Την τελευταία 20ετία, τόσο το καθολικό όσο και τα προσκτίσματα της μονής αναστηλώθηκαν, ενώ έχουν αποκαλυφθεί σημαντικά ευρήματα σε όλο τον περιβάλλοντα χώρο που ανήκουν στις περιόδους της Αραβοκρατίας, της β΄ βυζαντινής και της πρώιμης Ενετοκρατίας.
